El Parque Nacional Yasuní es también la cuna y el hábitat de varias nacionalidades, culturas y saberes indígenas. Las comunidades que habitan el parque y sus alrededores pertenecen a las nacionalidades Waorani y Kichwa, albergando también a los Tagaeri-Taromenane, pueblos ocultos que viven en aislamiento voluntario.
La cultura waorani conformada por familias nómadas de un tronco étnico común, y la kichwa del Napo o naporuna, conformada por distintos grupos étnicos asentados a lo largo del río Napo que comparten la lengua kichwa.
La explotación del caucho, a fines del siglo XIX, fue el primer impulso que animó a algunos aventureros a pasar el límite del miedo e internarse en el misterio de la jungla. Ellos volvieron con noticias que daban cuenta de la existencia de tribus de guerreros, los waorani, llamados aucas (salvajes) por los kichwa.
A fines de la década de 1940, miembros del Instituto Lingüístico de Verano (ILV), obtuvieron, del gobierno ecuatoriano, el apoyo para evangelizar y “civilizar” a los pueblos amazónicos, y así abrir la brecha a las industrias petroleras.
En 1956, cinco de estos misioneros, con el afán de contactarse con los waorani, sobrevolaron su territorio a bordo de una enorme “abeja amarilla de madera” de la cual caían víveres y herramientas; pero su misión fracasó en el primer encuentro en tierra y murieron atravesados por sus lanzas.
Este proceso condujo a la concentración de las familias waorani en comunidades. En estos nuevos poblados invertían su tiempo estudiando el evangelio e integrándose a las formas de vida occidental, adquiriendo costumbres diametralmente opuestas a las de su cultura original.
El silencio de la selva ha desaparecido, la industria petrolera, la descontrolada colonización, la extracción de madera y la expansión de la frontera agrícola provocó que los colosales árboles, sucumbieran en manos de las motosierras. Los ríos que abastecían de agua y peces desde tiempos inmemoriales, en no pocas ocasiones se tiñeron de aceite mineral.
La mayoría de los waorani y los naporuna viven ahora en pueblos, usan buses y ven televisión; son obreros, desocupados o, en el mejor de los casos, se dedican al turismo, el comercio de sus productos agrícolas y artesanales, y la difusión de sus conocimientos ancestrales.
Algunos grupos aislados, como los tagaeiri y los taromenane, se resisten al contacto y están dispuestos a morir en el intento.